A pedido do ex-ministro, Oliveira concordou em permanecer na função durante a transição, mas havia acertado com o então ministro Nelson Teich sua saída, logo após as férias. O epidemiologista retornará a sua função de servidor do Hospital das Forças Armadas – HFA.
Wanderson de Oliveira foi o principal formulador da política de combate ao coronavírus da gestão Mandetta. Ao lado do então ministro, foi responsável pela rotina de acompanhamento da epidemia e pela padronização da orientação a estados, municípios e à população em geral, que ficou documentada nos Boletins Epidemiológicos expedidos pelo ministério.
Tornou-se o porta-voz da pasta, ao lado do secretário executivo, João Gabbardo dos Reis, na primeira fase da propagação da doença, assumindo comunicação diária com a população por meio de coletivas de imprensa.